朱高煦离开纪府以后，越想越后怕。他与纪纲等人交往甚密，这是人尽皆知的事。现在纪纲谋反的证据确凿，朱高煦救也不是，不救也不是。要是救，朱棣必定会怀疑、责罚朱高煦。这样的话，朱高煦想要夺太子之位简直是痴人说梦。要是不救，万一纪纲狗急跳墙，把朱高煦也拖下水，那么朱高煦还是得吃不了兜着走。朱高煦左思右想，最终决定丢车保帅、先下手为强。
朱高煦把在纪纲府中的所见所闻如实告诉了朱棣。朱棣勃然大怒，让朱高煦立刻抓捕纪纲，等三司会审以后再明正典刑。朱高煦却劝谏说，纪纲为官多年，关系网极为复杂。要是纪纲随意牵连，只怕朝廷上人人自危。再者纪纲长期以来深得圣宠，如果纪纲谋逆的事不尽快处置，日后肯定有辱圣德。
朱棣登基之初，民心不稳，因此要大开杀戒。现在承平日久、民心已归，他也不想落下暴君的骂名。再者他自视一代雄主，更不愿意因为纪纲而让自己的令名受损。朱棣思来想去，颇觉朱高煦说得在理。于是，朱棣下旨让萧毅以谋大逆的罪名把纪纲打入死牢，明天午时凌迟处死。在此期间，任何人不得和纪纲见面。此外，纪府一家老小全部发配戍边，家产悉数充公。朱高煦见朱棣并未迁怒自己，于是暗自松了一口气，连忙前去传旨。
萧毅接旨后亲自看守死牢，唯恐出现意外。翌日，诏书传遍京师。官民们得知即将处死纪纲，无不拍手称快，围观的人把刑场周围挤得水泄不通。纪纲情知自己必死无疑，反倒变得出奇的安静。那些怕被他牵连的官员见他一路上缄口不语，这才都放下心来。刑场之惨烈，不消细说。纪纲生不如死之际，只是翻来覆去地喊着“自作孽不可活”这句话，直到气绝身亡。
纪纲死后，萧毅名满天下，朝野上下流传着各种所